南宋绍熙五年（1194年），黄河夺泗夺淮以后，古淮、泗水交汇处的清口（又称淮泗口）成为黄、淮、运河的交汇处，使淮安成为我国南北水上交通绕不开的关口，漕运的咽喉，大运河上最难治理的地区之一。“居天下之中，北达河、泗，南通大江，西接汝蔡，东近沧溟”，唐宋直至明清，都在淮安设有漕粮转运仓。

明代永乐年间迁都北京后，黄河和运河有险情就临时派遣尚书、侍郎及都督等去主持治河事务。永乐二年（1404年），平江伯陈瑄为漕运总兵官驻节淮安，开始以海运为主。至永乐十三四年，山东会通河、淮安清江浦河次第通航后，漕粮以内河运输为主，漕运总兵官遂统管河道、漕运之事。明景泰二年（1451年），始设漕运都御史。此后，多以漕运总兵官或漕运都御史兼理河道。

明成化七年（1471年），始设总理河道，此后，逐渐成为常设职官，衙署设于山东济宁。隆庆年间（1567—1572年），总理河道加提督军务衔；万历时，设总理河道兼提督军务。万历六年（1578年），潘季驯第三次总理河漕兼提督军务，驻节淮安，主持治理黄、淮、运河。他在经过前两次治理实践和吸取前人治河经验的基础上，提出治理黄、淮、运河的关键是治黄，应当把治河与治漕，治河与治淮，治河、治淮与治海口，兴利与除害结合起来，统筹规划治理。他的治水思想和治水方略，得到朝廷的支持，一项以清口为中心的规模空前的治理黄、淮、运河总体工程开始实施。在潘季驯任上，淮安清口水利枢纽初具规模，该枢纽包括：清口以上数百里的黄河两堤“束水攻沙”系统工程，加固加高高家堰的“蓄清刷黄”系统工程，清江浦河口的“防黄倒灌”与“引水济运”工程，以归仁堤为主的“减黄助清”工程，清口以下的减水坝工程等。

潘季驯治理黄、淮、运河的理论与实践，为后世所遵循与发展。清代的河督靳辅、张鹏翮、齐苏勒，江南河道总督嵇曾筠、高斌、麟庆、吴嗣爵、兰第锡等人也都对清口枢纽进行了大规模建设，使清口成为同时期技术领先世界的大型水利枢纽。同时，清口区域也成为历代水利专家从事科技创新、展示聪明才智的最佳场所。清口作为历史久远的水利枢纽，施行了三项国际公认的古代世界水利科技创新成果：一是世界最早的箱式船闸诞生地；二是世界领先的治理多沙河流技术；三是洪汛高水位的堵决技术。